南宁五通庙的传说有多种说法。

一种说法是，五通庙起源于狄青平叛广西的时代。当时，壮族首领侬智高揭竿占地为王，后来受到狄青的平叛。狄青的军队在广西驻扎下来后，就搞了这个五公祠，目的是祭奠那些失踪的、无名的、无亲属的将士。之所以称为五公祠，是因为古代的军队最小的集体相当于我们现在军队的班，当时是五人为一伍，所以说，这个五公祠其实就是个无名烈士纪念碑，而且祭奠的是当时镇压广西原住民的外来军队——狄青的部下。

另一种说法是，五通庙建于明初，是朱元璋有感于跟随自己征战的阵亡将士变成孤魂野鬼无人祭祀，遂命各地遍建五通庙，南宁的五通庙即是这个时候所建。但原建筑在“文革”时已毁，现在的建筑是当地村民筹资重建。

还有一种说法是，五通庙祭祀五通神，五通神又称“五圣”、“五郎神”，原是中国南方乡村中供奉的神道。据说，唐末已有香火，庙号“五通”。宋徽宗大观年间（1107—1110年）赐庙额为“灵顺”。

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