可以，肠镜检查医保可以报销。如果是在门诊进行的肠镜检查，超过600元的起付线后能用医保统筹账户报销；如没超过起付线，而且医保卡个人账户里面没钱了，那么相关医疗费用只能由参保人自己支付。但是，如果是因为较重疾病住院，而必须需要进行肠镜检查，则可以用医保统筹账户报销。
农村医保可以跨省异地就医，相关规定如下：
新农合外地就医在住院后三日内到拿医院确诊证明去新农合备案，出院后在10个工作日内可以报销；
报销带上身份证、医疗证、户口本、备案登记表、医院盖章的缴费费用明细、住院收费单、病例复印件等。
不过，报销比例远低于本地就医。