在三相四线系统中，一相使用16平方毫米的线，而两相使用6平方毫米的线是可以的。但需要注意以下几点：

确保所有的线路都是相同类型的电线，例如都使用铜线或铝线。不同类型的电线不应混用。

确保所有的线路都符合当地电气规范和标准。使用不同规格的电线可能会影响系统的性能和安全性。

在计算电流时，应考虑到线的截面积和电机的功率因数。不同规格的电线有不同的载流量，因此需要确保线的载流量能够承受电机的运行电流。

如果使用的是6平方毫米的线，那么需要确保线的质量可靠，并且能够承受电机的工作电压和电流。

总的来说，在三相四线系统中，使用不同规格的电线是可以的，但需要确保所有的线路都符合规范和标准，并且能够承受电机的运行电流和工作电压。如有疑问，建议咨询专业的电气工程师或电工。