始祖山景区的正门是位于南山入口的南山门，它是一个拱门式的入口，门前有一座造型别致的小亭子。南山门周围是一片草坪和花园，非常漂亮。从正门进入始祖山景区，可以看到雄伟壮观的山峰、清澈碧蓝的湖泊和神秘的瀑布，这其中包括着始祖山最具代表性的风景。此外，南山门也是该景区车辆和旅游大巴的必须通过的主要通道，因此南山门是始祖山景区最为重要的路口之一。
始祖山是国家AAAA级旅游景区，有多个登山入口，但最常用的是西门和东门。西门位于始祖山景区的西北方，距离景区主入口约3公里，徒步约需1小时。东门则位于景区东南方，距离主入口约5公里，徒步约需1.5小时。两个入口的路线和难度不同，西门路线相对简单，适合初学者和家庭出游；东门路线相对较难，适合有登山经验的人士。在选择入口时，游客应根据自己的实际情况和需求做出选择。