主要是菌包养菌期间袋内超温、室内超氧，菌包内中孔堵塞（袋内二氧化碳排不出，袋外氧气进不去），菌包养好菌放置时间过长这几种原因造成，往往是因如上原因导致，菌丝受伤老化萎缩，菌丝体内水分排出菌丝体之外，而产生红水。
木耳菌种袋的灭菌时间会受到多种因素的影响，如菌袋的大小、材质以及灭菌设备的种类和使用条件。
一般来说，如果采用高压灭菌锅进行灭菌，灭菌时间在1-2小时左右是比较常见的1。然而，如果是通过常压灭菌的方式，可能需要更长的时间，大约在5小时以上，以达到相同的灭菌效果2。因此，具体的灭菌时间需要根据实际情况来确定。