当小商店被指控侵权时，首先需保持冷静，积极应对。应认真研读对方的指控材料，理解侵权的具体内容和指控依据。若确实存在侵权行为，应积极与对方沟通，寻求和解的可能性，避免进一步的法律纠纷。

若认为并未侵权或对方的指控存在问题，应准备相关证据材料，包括商品来源、销售记录等，以证明自身清白。在应诉过程中，应积极配合法院的调查和审判工作，尊重法律程序，维护自身合法权益。

此外，小商店在日常经营中应增强法律意识，规范经营行为，避免涉及侵权行为。同时，也应了解和学习相关法律法规，以便在遭遇类似问题时能够更好地应对和解决。