三个月不会清零，但是之后要补。
六个月以上清零
参保人员未按规定及时足额缴纳医疗保险费的，从未按时足额缴纳的当月起，终止享受医疗保险待遇，中断后继续缴费的，必须按规定以补缴时当地上年度职工平均工资为缴费基数，将中断期间的全部欠费补齐
补缴时间计入连续缴费时间，但补缴期间不能享受统筹基金支付的待遇。参保人员中止享受医疗保险待遇60天内(含60天)补缴医疗保险费的，从缴费次月起享受统筹基金支付的待遇;
中止享受医疗保险待遇60天以上至180天(含180天)补缴医疗保险的，从缴费当月开始计算，3个月后方可享受统筹基金支付的待遇;中止享受医疗保险待遇180天以上补缴医疗保险费的，从缴费当月开始计算，6个月后方可享受统筹基金支付的待遇。中断后未补缴的，视同重新参加医疗保险，中断前的缴费时间不计入连续缴费时间。
不过医保断缴3个月，影响也是有的：
1、医保中断缴费后，无法享受医保待遇
医保实行的是“现收现付”制，也就是说用每月新缴纳的钱看现在生的病，只要你开始缴纳医保，就可以马上享受医保待遇。可一旦停止缴费，从下个月起，将不能再享受医疗保险待遇。
2、医保缴费中断超过3个月，连续缴费年限会清零
不会，医保断交三个月缴费年限是不会清零，也就是说医保个人账户的余额和医保累计缴费年限是不会清零的。因为中断后继续交的年限是会累计的，是指断缴前的缴费年限加上补缴后的缴费年限一起计算得出的。
医保断交三个月影响的是连续缴费年限，不影响累计缴费年限，其中连续缴费年限与累计缴费年限不是一个意思。连续缴费年限是与医保待遇挂钩的，另外还会与相关资格挂钩，比如购房购车、落户以及子女入学相关的。累计缴费年限是与退休后享受退休后的医保待遇有关系的，对于职工医保的参保人来说是重要的，一般来说累计缴费年限达到10年或更长时间，比如30年，且达到了法定退休年龄时，可以不缴纳医保费用了，可以享受医保待遇了，只是各地政策不同。
医保断交三个月是会影响医保待遇享受的，城镇职工医保一旦断交，次月开始无法再享受医保待遇，但是医保个人账户不受影响，如果账户中有金额，仍旧是可以使用的，但是不能够享受住院的医保报销。如果断交三个月是可以进行补缴的，只是补缴的期限不同，医保继续享受待遇的时间是不同的。以北京为例，医保中断缴费3个月以内，足额补缴欠缴的保费后，可以视为连续缴费，在欠缴期间发生的医疗费用予以补支